Mikrobiologisch sind bisher aus dem Biofilm auf den Zähnen und in den Taschen, ca. 500 verschiedene Bakterienarten isoliert worden. Die meisten, sogenannte Aerobier sind eher harmlos und haben sogar eine Schutzfunktion. Nur eine geringe Anzahl von Bakterien, gehört zu den pathogenen also krankmachenden Keimen.  Anaerobier sitzen am meisten in den Taschen und verursachen die Zahnfleischentzündungen.